运行CHKDSK工具来修复磁盘问题可以按照以下步骤进行：

1. 打开命令提示符（CMD）。可以通过按下Win键+R，然后输入"cmd"并按下回车键来打开命令提示符。

2. 在命令提示符窗口中，输入"chkdsk"命令并按下回车键。这将启动CHKDSK工具。

3. CHKDSK工具将扫描当前连接的磁盘并检查其中的错误。您可以选择要检查的磁盘，如果不指定磁盘，则会默认检查当前正在运行的磁盘。

4. 在CHKDSK完成扫描后，它将显示一个报告，列出找到的任何错误以及建议的修复措施。根据报告中的指示进行操作。

5. 如果CHKDSK工具建议修复磁盘上的错误，请按照提示进行操作。在大多数情况下，CHKDSK会自动修复找到的问题。但是，在某些情况下，可能需要手动干预或采取其他措施来解决问题。

请注意，在运行CHKDSK工具之前，最好备份重要数据以防止意外数据丢失。此外，修复磁盘问题可能需要一些时间，取决于磁盘的大小和问题的严重性。在修复过程中，请确保计算机保持稳定的电源供应并避免中断计算机操作。

此外，如果在Windows系统中使用CHKDSK工具时遇到问题，也可以尝试在Windows安装盘（如光盘或U盘）上运行CHKDSK工具来修复磁盘问题。具体的步骤可能因操作系统版本而异，建议在运行之前查阅相关的用户手册或在线指南以获取更准确的指导。