在生物学中，脊索动物门是一个重要的分类单元，它包括了所有具有脊索这一特征的动物。脊索是一种支持结构，在胚胎发育阶段起重要作用，并且在成年个体中可能部分或完全保留。根据现代分类学的研究成果，脊索动物门通常被划分为三个主要的亚门。

第一个亚门是尾索动物亚门（Urochordata）。这个亚门中的成员大多数为海栖生物，例如海鞘。它们的特点是在幼体阶段表现出典型的脊索动物特征，但成体时这些特征会显著退化。因此，尾索动物亚门也常被称为“被囊动物”，因为它们的身体外部包裹着一层由纤维素组成的被囊。

第二个亚门是头索动物亚门（Cephalochordata），其中包括了文昌鱼等物种。这类动物保持了较为原始的脊索动物特征，其身体呈两侧对称，终生拥有完整的脊索，没有真正的头部结构。头索动物被认为是现存脊索动物中最接近于脊椎动物祖先的类群之一。

第三个亚门则是脊椎动物亚门（Vertebrata），这是脊索动物门中最为复杂和多样化的分支。脊椎动物亚门包含了鱼类、两栖类、爬行类、鸟类以及哺乳类等多种多样的生物。这些动物不仅具备脊索，还发展出了由骨骼构成的脊柱来保护和支持神经系统，同时形成了复杂的脑部结构和其他器官系统。

综上所述，脊索动物门可以分为尾索动物亚门、头索动物亚门和脊椎动物亚门这三个亚门。每个亚门都有其独特的生物学特性和生态位，共同构成了脊索动物门丰富多彩的生命世界。通过研究这些亚门之间的差异与联系，科学家们能够更好地理解生命进化的历程及其背后的机制。